植物性や動物性の有機物を原料として作られた肥料。魚粉類・動物かす粉末類・骨粉質類・植物かす類などに分類される。土壌微生物が有機物を分解したものを作物が吸収するため、即効性はない。一方、微生物の働きが活性化し土壌の団粒構造化を促すことで、土壌の物理性や生物性が向上するとされている。使いすぎると微生物の働きが強くなりすぎて窒素欠乏や酸素不足による生理障害が発生するリスクがある。