腸管出血性大腸菌・黄色ブドウ球菌・サルモネラ菌・リステリア菌・カンピロバクター菌などの殺菌・除菌や、ノロウイルスなどウイルスの不活化に有効とされている。次亜塩素酸ナトリウムは安価に入手することができ、なお且つ高い殺菌活性を保有していることから食品工場や飲食店などで衛生管理の目的で用いられている。また、食品添加物（殺菌料）として野菜洗浄や果物洗浄などにも用いられる。但し食品の洗浄に用いた場合は、使用後に「分解又は除去しなくてはならない」と厚生労働省が定めているため、水を用いて十分なすすぎ洗いをする必要がある。

次亜塩素酸ナトリウムに多く含まれる次亜塩素酸イオンは細菌の細胞壁を通過することができるが細胞膜を通過できないため、核酸を変性させることができず、その作用の性質上、耐性菌を発生させやすいというデメリットがある。ウイルスに対しては、エンベロープやカプシドなどにダメージを与えることで不活化させる。一方で、次亜塩素酸水に多く含まれる次亜塩素酸はその作用の性質上、耐性菌を出現させにくい殺菌を可能としている。