土壌に分布する細菌、放線菌、糸状菌および藻類のこと。植物に対して有害、無害および有益な土壌微生物に分かれる。有害なものは軟腐病菌（細菌）や炭疽病菌（糸状菌）など、有益なものは根粒菌（細菌）やアーバスキュラー菌根菌（糸状菌）などが存在する。